Wariant TREM2 związany z ryzykiem choroby Alzheimera AD 6

Nie można uwzględnić dwóch małych komponentów NIA-LOAD, phs000168.v1.p1.c2 (z udziałem 28 uczestników) i phs000168.v1.p1.c1 (z udziałem 570 uczestników), ponieważ zgoda uczestników dotyczyła wyłącznie wykorzystania przez organizacje non-profit. Ponadto rs75932628 nie mógł zostać skutecznie przypisany na podstawie danych GenADA (zawartość informacji związana z testem dodatków, <0.3), co doprowadziło do wykluczenia tego badania z dalszych analiz. W badaniach NIA-LOAD i eMERGE pacjenci zostali sklasyfikowani jako osoby z określoną, prawdopodobną lub możliwą chorobą Alzheimera, zgodnie z kryteriami NINCDS-ADRDA. W badaniu eMERGE wykluczono pacjentów, u których rozpoznano demencję zgodnie z kryteriami elektroniczno-medycznymi. W obu badaniach kontrole były wolne od otępienia, a uczestnicy, którzy byli biologicznymi krewnymi pacjentów z chorobą Alzheimera, nie byli włączani jako kontrole. Imputację przeprowadzono przy użyciu IMPUTE2 z haplotypem marca 2012 projektu 1000 Genomes jako odniesieniem. Przed imputacją usunięto uczestników o wydajności genotypowania poniżej 98%; Zniesiono także SNP z wydajnością mniejszą niż 98%, częstością mniejszego allelu mniejszą niż 1% lub odchyleniem od równowagi Hardy ego-Weinberga (P <1,0 x 10-5). Zawartość informacyjna imputowanych danych związanych z testem dodatków wynosiła odpowiednio 0,79 i 0,75 dla badań NIA-LOAD i eMERGE.
Analiza statystyczna
W przypadku danych islandzkich przeprowadziliśmy test asocjacyjny z kontrolą przypadku imputowanych genotypów za pomocą metod opisanych wcześniej.11 Współczynniki szans obliczono na podstawie modelu multiplikatywnego dla dwóch chromosomów każdego osobnika. Metodę kontroli genomowej zastosowano w celu skorygowania pokrewieństwa i potencjalnego rozwarstwienia populacji.
Wykorzystaliśmy regresję logistyczną do przeprowadzenia analizy asocjacyjnej opartej na zestawach danych NIA-LOAD i eMERGE, przy czym pierwsze trzy główne komponenty zostały uwzględnione jako współzmienne w celu dostosowania do stratyfikacji populacji. Przed analizą usunęliśmy dane dla uczestników o płci genetycznej niespójnej z przedstawioną płcią, próbki o niższej wydajności w każdej parze duplikatów, genetycznie powiązanych starszych przypadkach i młodszych kontrolach (w celu wyeliminowania włączenia krewnych pierwszego lub drugiego stopnia), oraz uczestnicy z szacunkowym udziałem poniżej 0,9 europejskiego pochodzenia w analizie za pomocą oprogramowania STRUCTURE i za pomocą referencyjnych próbek HapMap mieszkańców Utah z pochodzeniem z północnej i zachodniej Europy (CEU), Han Chinese w Pekinie i Japończyków w Tokio (CHB + JPT ) i Joruba w Ibadanie, Nigerii (YRI).
Użyliśmy dokładnego testu Fishera do przeprowadzenia innych analiz asocjacyjnych
[przypisy: kryteria diagnostyczne autyzmu, medicus jawor rejestracja, formy mobbingu ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: formy mobbingu kryteria diagnostyczne autyzmu medicus jawor rejestracja