Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 7

Analiza Bootstrap wykazała ponad 99% konsensus we wszystkich punktach rozgałęzień, z wyjątkiem jednego (zakreślonego na Figurze 2A), gdzie wartość ładowania początkowego wynosiła 0,181. Organizm został tymczasowo nazwany B. enterica, biorąc pod uwagę bliski związek filogenetyczny z B. japonicum i anatomiczną lokalizacją człowieka, w którym wykryto organizm. Identyczność sekwencji aminokwasowej między białkami homologicznymi w B. enterica i B. japonicum pokazano na Rysunku 2B.29. Lista genów obecnych w B. enterica i nieobecnych w B. japonicum znajduje się w Dodatku Uzupełniającym. Charakterystyka sekwencji drobnoustrojów w próbkach zapalenia okrężnicy
Tabela 2. Tabela 2. Sekwencjonowanie Odczytuje 27 najbardziej obfitych bakterii w czterech próbkach od pacjentów z zapaleniem okrężnicy przewodu w kohorcie odkrycia. Zgromadzenie długich kontigów odpowiadających projektowi genomu nowego organizmu było technicznie możliwe ze względu na wywnioskowaną dużą obfitość nowego organizmu i oligoklonalność mikrobiomu w próbkach otrzymanych od pacjentów z zapaleniem okrężnicy przewodu. Aby określić stosunek B. enterica do całkowitego odczytu bakterii w czterech próbkach indeksu, ponownie wykonaliśmy analizę PathSeq, dodając genotyp B. enterica do referencyjnej bazy danych. Najbardziej obfite odczyty bakteryjne przedstawiono w Tabeli 2.
W Pacjent 5 względna obfitość B. enterica w próbce po leczeniu, w porównaniu z próbką przed leczeniem, uzyskana od Pacjenta 5 zmniejszyła się o 84,4%. Próbkę po leczeniu uzyskano 28 dni po rozpoczęciu antybiotykoterapii zespołu jelita grubego (szczegóły w Dodatku Uzupełniającym). Podobnie, u Pacjenta 11 względna obfitość B. enterica w próbce po leczeniu, w porównaniu z próbką przed leczeniem, zmniejszyła się o 60,5%. Próbkę po leczeniu uzyskano 44 dni po rozpoczęciu antybiotykoterapii zespołu nawrotowego zapalenia jelita grubego. B. enterica była dominującą bakterią we wszystkich czterech próbkach (tabela 2). Najbardziej obfite ludzkie wirusy, które zidentyfikowano w sekwencjonowaniu całego genomu, przedstawiono w tabeli S2 w dodatkowym dodatku.
W przeciwieństwie do mikrobiomu próbek okrężnicy ze zdrowych grup kontrolnych 30 i próbek normalnej tkanki okrężnicy uzyskanych w sąsiedztwie guzów jelita grubego, 18 znanych komensałów jelita (np. Propionibacterium acnes) było obecnych na znacznie niższym poziomie niż B. enterica, z liczbą P acnes czyta od 0,08 do 0,3% całkowitej liczby odczytów B. enterica. Cytomegalowirusowe zapalenie jelita grubego było wcześniej diagnozowane i leczone w Pacjentce 11. Nie było żadnych dowodów histopatologicznych na zmiany cytopatyczne związane z cytomegalowirusem w czasie, gdy rozpoznano zapalenie jelita grubego.9 Zauważono, że liczba odczytów cytomegalowirusa była niska i dalej spadła w analizie druga próbka biopsji (tabela S4 w dodatkowym dodatku).
Wykrywanie B
[hasła pokrewne: oddawanie krwi warunki, uzdrowiskowe leczenie sanatoryjne dorosłych reumatologia kolejka, medicus jawor rejestracja ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: medicus jawor rejestracja oddawanie krwi warunki uzdrowiskowe leczenie sanatoryjne dorosłych reumatologia kolejka