Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 6

Dziewięćdziesiąt dziewięć kontigów wygenerowanych tą metodą zostało zebranych w 89 superkontaktach i ręcznie sprawdzonych; Usunięto supercontig (3621 bp), ponieważ wykazał on wysokie podobieństwo sekwencji do wirusa SEN.27 Koło superkompigowe o masie 126 kb (kontig 32, superkontr 25) miało wysoki stopień homologii z elementem plazmidowym z gatunku bradyrhizobium BTAi1 (pBBta01 , numer dostępu, CP000495.1); ten plazmid jest nieobecny w B. japonicum. Wszystkie 88 superkomponów zawierało regiony o wysokim stopniu homologii z B. japonicum, który składa się z pojedynczego okrągłego chromosomu o długości 9 105 828 pz; 86 z 88 superkompletów miało zawartość GC od 60 do 66%. Wynikowy rozmiar genomu szkicu (łącznie z plazmidem) wynosił 7,645,871 pz, przy zawartości 64,4% GC. (Wielkość genomu większości gatunków bradyrhizobium mieści się w zakresie od około 7,5 do 10 Mb.) Biorąc pod uwagę znane ograniczenia masywnie równoległego sekwencjonowania w zestawie genomu, 28 małych obszarów genomu prawdopodobnie pozostaje niezmontowanych. Wysoki zasięg genomu sugeruje, że większość z nich została odkryta. Przy pomocy narzędzia do opisu genomu marnotrawnego genom kodującym białka 7112 przewidziano w prowizorycznym genomie23 (dodatkowe informacje na temat montażu genomu i jego adnotacji znajdują się w dodatkowym dodatku). Ryc. 2. Ryc. 2. Analiza filogenetyczna i zespół genomowy organizmu związany z zapaleniem okrężnicy przewodu pokarmowego i porównanie tymczasowego genomu dla Bradyrhizobium enterica z genomem B. japonicum USDA 110. Ukorzenione drzewo filogenetyczne przedstawiające przewidywany związek ewolucyjny między B. enterica i pokrewnych gatunków skonstruowano za pomocą wielowymiarowego wyrównania 400 rdzeniowych genów kodujących białka (Panel A). Przeprowadzono analizę Bootstrap wykazującą ponad 99% zgodność we wszystkich punktach rozgałęzień, z wyjątkiem okręgu, w którym wartość początkowa wynosiła 18,1%. Pokazano wykres Circos29 genomu B. enterica, który został zmontowany z wykorzystaniem nieodczuwalnych odczytów z sekwencjonowania całego genomu shotgunu próbek zapalenia okrężnicy przewodu pokarmowego (Panel B). Genom szkicu, który składa się z kontigu liniowego, jest reprezentowany kołowo w środkowym torze w kolejności malejącej wielkości kontigu. Okrągły kontig, który prawdopodobnie reprezentuje plazmid podobny do tego znalezionego w gatunku bradyrhizobium BTAi1 został wyłączony z tej reprezentacji. Na wewnętrznej ścieżce ciemnoniebieskie linie, które są prostopadłe do wykresu okrągłego genomu, wskazują geny obecne w B. enterica, które nie występują w B. japonicum USDA 110. Na zewnętrznej ścieżce, identyczność sekwencji aminokwasów każdego białka B. enterica do jego najbliższego B. reprezentuje homolog japonicum. W środkowym utworze każdy contig jest reprezentowany przez ciemnozielony blok, którego krawędzie są jasnozielone.
Analiza filogenetyczna za pomocą PhyloPhlAn wygenerowała ukorzenione drzewo filogenetyczne (ryc. 2A)
[patrz też: amlodypina, wzorcowanie przyrządów pomiarowych, kursy fizjoterapia ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: amlodypina kursy fizjoterapia wzorcowanie przyrządów pomiarowych