Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 4

W przypadkach, w których ekstrakcja dała więcej niż 25 ng DNA (u Pacjentów 5 i 11) 9 prowadziliśmy sekwencjonowanie DNA. W przypadkach, w których ekstrakcja dała 25 ng lub mniej DNA, rezerwowaliśmy próbki do badań walidacyjnych (rysunek 1). Biblioteki kodowane kodem zostały przygotowane z par próbek uzyskanych przed i po rozpoczęciu antybiotykoterapii u Pacjentów 5 i 11, jak opisano wcześniej.18 Parowanie równoległe 76-bp lub 101-bp masowo równolegle przeprowadzono w oddzielnych punktach sekwencjonowania dla każdego pacjenta w celu kontroli pod kątem możliwego zanieczyszczenia (patrz dodatek uzupełniający w celu uzyskania szczegółowego opisu analizy zanieczyszczenia). Komputerowe odejmowanie i montaż nieodczytywalnych odczytów
Użyliśmy oprogramowania PathSeq, wersja 1.2 (www.broadinstitute.org/software/pathseq), do wykonywania iteracyjnego obliczeniowego odejmowania odczytów ludzkich, znanych odczytów mikrobiologicznych i odczytów wirusowych, jak opisano wcześniej.19 Użyliśmy pakietu oprogramowania Velvet dla de novo krótki odczyt (montaż bez użycia genomu referencyjnego) w celu wygenerowania ciągłych nakładających się sekwencji (kontigów) z odczytów, które nie zostały zmapowane w analizie PathSeq. 20 Użyliśmy podstawowego narzędzia do lokalnego ustalania linii trasowania (BLAST) dla sekwencji nukleotydów (BLASTN ) i białek (BLASTX) w celu porównania wszystkich kont z bazami danych Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI) sekwencji nukleotydowych i białkowych, które obejmują wszystkie ludzkie, nieludzkie eukariotyczne, prokariotyczne i wirusowe sekwencje kwasów nukleinowych i aminokwasów z genomów niewydłużonych.
Nieludzkie odczyty z próbek 11b i 11d (od Pacjenta 11) połączono i poddano zespołowi de novo przy użyciu dwóch różnych pakietów oprogramowania: Velvet i ALLPATHS.20,21 Contigs, które utworzyły nowy genom, zostały dopasowane do sekwencji nukleotydów NCBI baza danych z wykorzystaniem BLASTN.22 Contigs o wysokim stopniu homologii z gatunkami bradyrhizobium były reprezentowane na podobnej głębokości zasięgu, co sugeruje wspólne pochodzenie. Kontigeny te miały również zawartość procentową zawartości GC (guanina-cytozyna) podobnych do siebie (ryc. S2 w dodatku uzupełniającym). Połączyliśmy kontigi do siebie nawzajem za pomocą sparowanych odczytów w celu wygenerowania superkontaktów (patrz Dodatek dodatkowy, gdzie znajduje się szczegółowy opis metod montażu).
Porównawcza analiza genetyczna
Superkale generowane przez zespół de novo tworzą szkic genomu nowego organizmu, zwanego Bradyrhizobium enterica (zdeponowany jako NCBI Bioproject PRJNA174084, numer dostępu, AMFB00000000, nazwa szczepu, B. enterica DFCI-1, www.broadinstitute.org/ adnotacja / genom / Bradyrhizobium_enterica.1 / MultiHome.html). Użyliśmy narzędzia Adnotacji Prodigala23, aby opisać B
[więcej w: kursy fizjoterapia, anatomia palpacyjna, olejowanie wlosów ]

Tags: ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: anatomia palpacyjna kursy fizjoterapia