Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 3

Podczas przeglądu próbek z biopsji przewodu pokarmowego z pierwotnej kohorty, odnotowaliśmy, że 5 pacjentów poddano niższej endoskopii przewodu pokarmowego z biopsją zarówno przed, jak i po rozpoczęciu leczenia antybiotykiem zapalenia jelita grubego; 16 z tych 23 próbek do biopsji okrężnicy wybrano do dalszego badania (Tabela 1). Jako kontrolę zastosowano próbki okrężnicy utrwalone w formalinie i zatopione w parafinie od 5 zdrowych osób, które przeszły skriningową kolonoskopię i 3 pacjentów, które przeszły HSCT pępowinowej i patologicznie potwierdzono GVHD jelitową, jak również DNA z próbek okrężnicy uzyskanych z 5 pacjenci poddawani resekcji na raka jelita grubego, jak opisano wcześniej.18 Ponadto, uzyskaliśmy próbki z górnej części przewodu pokarmowego z biopsji z dwunastnicy i żołądka od 3 pacjentów z początkowej kohorty z zapaleniem okrężnicy przewodu. Uzyskaliśmy również próbki żołądkowo-jelitowe od pacjenta, który był leczony w Massachusetts General Hospital z powodu zapalenia okrężnicy po przejściu przez HSCT i który miał pewne cechy, które były zgodne z zapaleniem jelita grubego, w celu zbadania mikrobiomu pacjenta, który przeszedł HSCT w innej instytucji. . (Szczegóły znajdują się w dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie.) Instytucjonalna komisja rewizyjna w każdej instytucji zatwierdziła badanie. Odstąpienie od wymogu świadomej zgody zostało przyznane przez ludzki komitet badawczy w Partners HealthCare, który również zatwierdził badanie.
Ekstrakcja i sekwencjonowanie DNA
Rysunek 1. Rysunek 1. Wybór próbki i analizy. Próbki utrwalone w formalinie, zatopione w parafinie, otrzymane od pacjentów z zapaleniem jelita grubego wybrano do analizy molekularnej na podstawie kryteriów klinicznych. Pacjenci, u których próbki z biopsji okrężnicy byli dostępni w okresie od 120 dni przed antybiotykoterapią do 200 dni po takiej terapii, zostali wybrani do włączenia do początkowej kohorty. Po ekstrakcji DNA i sekwencjonowaniu przeprowadzono analizę PathSeq, 19, w której zastosowano odejmowanie obliczeniowe do usuwania ludzkich i znanych sekwencji drobnoustrojów. Pozostały niezmapowany sekwencjonowanie odczytuje i odczyty z wysokim stopniem homologii ze znanymi sekwencjami mikrobiologicznymi są następnie obliczane w postaci złożonej w dłuższe ciągłe zachodzące na siebie sekwencje (contigi) reprezentujące genomowe fragmenty nowego organizmu. Patogeny kandydatów, które zostały przewidziane przez analizę PathSeq kohorty odkrywczej, wykryto za pomocą ukierunkowanych metod, takich jak test reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), w kohorcie walidacyjnej.
Po usunięciu pierwszych 20 .m każdego utrwalonego w formalinie bloku zatopionego w parafinie, wyekstrahowaliśmy DNA z dwóch 20-.m przekrojów za pomocą zestawu RecoverAll Total Nucleic Acid Isolation (Ambion)
[patrz też: olej arganowy, rehabilitacja niemowląt, olejowanie wlosów ]

Tags: ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: olej arganowy rehabilitacja niemowląt