Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 7

Posted by admin on April 18th, 2018

Analiza Bootstrap wykazała ponad 99% konsensus we wszystkich punktach rozgałęzień, z wyjątkiem jednego (zakreślonego na Figurze 2A), gdzie wartość ładowania początkowego wynosiła 0,181. Organizm został tymczasowo nazwany B. enterica, biorąc pod uwagę bliski związek filogenetyczny z B. japonicum i anatomiczną lokalizacją człowieka, w którym wykryto organizm. …read more

Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 6

Posted by admin on April 18th, 2018

Dziewięćdziesiąt dziewięć kontigów wygenerowanych tą metodą zostało zebranych w 89 superkontaktach i ręcznie sprawdzonych; Usunięto supercontig (3621 bp), ponieważ wykazał on wysokie podobieństwo sekwencji do wirusa SEN.27 Koło superkompigowe o masie 126 kb (kontig 32, superkontr 25) miało wysoki stopień homologii z elementem plazmidowym z gatunku bradyrhizobium BTAi1 (pBBta01 , numer dostępu, CP000495.1); ten plazmid jest nieobecny w B. japonicum. Wszystkie 88 superkomponów zawierało regiony o wysokim stopniu homologii z B. japonicum, który składa się z pojedynczego okrągłego chromosomu o długości 9 105 828 pz; 86 z 88 superkompletów miało zawartość GC od 60 do 66%. …read more

Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 5

Posted by admin on April 18th, 2018

Użyliśmy narzędzia PhyloPhlAn (http://huttenhower.sph.harvard.edu/phylophlan) do wykonania ukorzenionej analizy filogenetycznej na podgrupie 400 rdzeniowych genów, a następnie analizy bootstrap w celu określenia siły przewidywanych asocjacji filogenetycznych. Przeprowadzono analizę porównawczą genomową (szczegóły patrz Suplement Dodatek). Globalne dopasowanie sekwencji aminokwasów przeprowadzono za pomocą algorytmu Needlemana-Wunscha, 24 i procent identyczności pomiędzy każdym genem B. enterica i jego najbliższym homologiem w B. …read more

Oparte na sekwencjach odkrycie Bradyrhizobium enterica w zespole Cord Colitis Syndrome AD 4

Posted by admin on April 18th, 2018

W przypadkach, w których ekstrakcja dała więcej niż 25 ng DNA (u Pacjentów 5 i 11) 9 prowadziliśmy sekwencjonowanie DNA. W przypadkach, w których ekstrakcja dała 25 ng lub mniej DNA, rezerwowaliśmy próbki do badań walidacyjnych (rysunek 1). Biblioteki kodowane kodem zostały przygotowane z par próbek uzyskanych przed i po rozpoczęciu antybiotykoterapii u Pacjentów 5 i 11, jak opisano wcześniej.18 Parowanie równoległe 76-bp lub 101-bp masowo równolegle przeprowadzono w oddzielnych punktach sekwencjonowania dla każdego pacjenta w celu kontroli pod kątem możliwego zanieczyszczenia (patrz dodatek uzupełniający w celu uzyskania szczegółowego opisu analizy zanieczyszczenia). Komputerowe odejmowanie i montaż nieodczytywalnych odczytów
Użyliśmy oprogramowania PathSeq, wersja 1.2 (www.broadinstitute.org/software/pathseq), do wykonywania iteracyjnego obliczeniowego odejmowania odczytów ludzkich, znanych odczytów mikrobiologicznych i odczytów wirusowych, jak opisano wcześniej.19 Użyliśmy pakietu oprogramowania Velvet dla de novo krótki odczyt (montaż bez użycia genomu referencyjnego) w celu wygenerowania ciągłych nakładających się sekwencji (kontigów) z odczytów, które nie zostały zmapowane w analizie PathSeq. …read more